主角工藤新一原本是一位颇具名声的高中生侦探,在目击黑暗组织的地下交易后,正准备追踪时却被突袭击昏,并被灌下代号为“APTX4869”(アポトキシン4869)的不明药物。后来虽然幸免于死,但身体就此缩小为小学时期的模样。之后他化名为江户川柯南,在邻居阿笠博士的建议下,寄住在女友毛利兰的父亲—侦探毛利小五郎家中,继续秘密从事追查黑暗组织的工作,并私下探寻获得解药的管道,希望能够恢复原来新一的样貌。与此同时,柯南凭着自己的推理天份,配合阿笠博士为他发明的道具,帮助毛利小五郎成为出名的大侦探。故事内容当中穿插许多爱情、友情、犯罪、背叛、复仇等情节。
在传说中,人鱼的肉是众人趋之若鹜的珍贵药材,凡是食用它的人,即可获得永生不死的荣耀。在一次偶然中,渔夫涌太和伙伴们捕获了一奇怪的肉块,鬼使神差中,三人分食了此物,不久之后,其中的两人暴毙,而不知是幸运还是不幸,从这天起,幸存下来的涌太成为了不死之人。经过了几百年是世事变迁,涌太终于无法忍受独活的孤独和寂寞,他决定走遍世界各地,发誓要找到解除永生诅咒的方法。 在世界的某处,被村人监禁的名叫真鱼的女子在姥姥的哄骗下吃下了人鱼的肉。涌太和真鱼,当两人相遇时,命运之轮开始转动,两个背负着永生罪孽的人,踏上了充满危险和死亡的逃亡道路。
子の一族が起こした反乱の後始末も落ち着き、 猫猫は花街の薬師としての日常へと戻っていた。 ある日、緑青館で出された朝餉をきっかけに、猫猫はとある“違和感”を覚え、 その正体を探し始めていた。 一方、本来の身分・皇弟であることを明かし、その責務に向き合い始めた壬氏は、 楼蘭から最後に託された≪国を襲う災害の予兆≫に頭を悩ませていた。 さらにそこへ、人々を惑わす謎の仙女の噂も飛び交いはじめ、 茘国にはふたたび影が落ち始めていた。 物語の舞台は後宮から市井、さらに隣国へと広がり、 猫猫と壬氏には新たなる試練が待ち受ける。